En 1542, Fray Juan de San Miguel (monje franciscano) funda el asentamiento como “San Miguel el Grande”.
Era un punto de paso importante del Antiguo Camino Real, parte de la ruta de plata que se conectaba con Zacatecas.
El 8 de Marzo de 1826, la población fue elevada a ciudad y cambió de nombre a “San Miguel de Allende” por el héroe nacional Ignacio Allende, nativo de San Miguel.
Alrededor de 1900, San Miguel de Allende estuvo a punto de convertirse en un pueblo fantasma. En 1926 fue declarado monumento histórico por el Gobierno Mexicano, y desde entonces el desarrollo en el distrito histórico está restringido para conservar el carácter colonial del pueblo.
Durante la década de 1950, a San Miguel de Allende se le empieza a reconocer como destino turístico por su bella arquitectura colonial y sus fuentes termales. Después de la Segunda Guerra Mundial, muchos soldados norteamericanos fuera de servicio descubrieron que los servicios educativos de instituciones de Estados Unidos acreditaban al Instituto Allende, por lo que se garantizaba la educación de su familia, dado lo cual empezaron a pasar largas temporadas en esta ciudad.
Gran parte de la población está conformada por una gran comunidad de residentes extranjeros.
